2. Borelije, erlihije in klamidije
Med bakterijami moramo glede na njihov učinek na telo razlikovati dve glavni skupini. V prvi skupini so ekstracelularne bakterije, kakršne so denimo streptokoki in stafilokoki, ki ne napadajo celic samih, marveč »le« prostor med njimi. Proti tej vrsti povzročiteljev smo se znali v zadnjih desetletjih odlično boriti z antibiotiki, tako da se je moč z njimi ob morebitnem napadu sorazmerno zlahka spopasti, izjemo predstavlja le odpornost bakterij na antibiotike. Iz tega razloga ne igrajo omenjene vrste bakterij pri kroničnih obolenjih praktično nobene vloge.
Njihovo popolno nasprotje so intracelularne bakterije (so tudi ekstracelularne), med katere sodijo borelije, erlihije in klamidije. Če se okužimo s temi bakterijami, jih mora naš imunski sistem premagati ne le ekstracelularno, marveč hkrati intracelularno. Praviloma ob ugotovljeni infekciji takoj uporabimo antibiotike. Posledično odstranimo ekstracelularne borelije, erlihije in klamidije, vendar intracelularne deloma še ostanejo aktivne v celicah. Antibiotiki namreč v glavnem delujejo zunaj celic in tako lahko intracelularne povzročitelje samo oslabijo, ne morejo pa jih v celoti odstraniti.
Akutni simptomi obolenja izginejo z odstranitvijo ekstracelularnih bakterij. V nadaljnjem poteku obolenja je od intracelularnega imunskega sistema odvisno, ali zmore premagati povzročitelje. Če jih premaga, je premagana tudi infekcija. Če ne, poteka infekcija v notranjosti celic skrita naprej, obolenje pa označimo za kronično. Uspeh zdravljenja je torej odvisen od imunskega sistema v notranjosti celic. Če so v celici prisotne težke kovine, virusi ali če je v organizmu pomanjkanje vitaminov, nam bo le stežka uspelo premagati intracelularne bakterije.
Kroničnih intracelularnih okužb v Sloveniji trenutno z metodami šolske medicine ni moč diagnosticirati. Edinega testa, ki je na voljo, LTT (limfocitni transformacijski test) ne ponuja noben laboratorij v Sloveniji. Kri svojih pacientov zato v diagnostične namene pošiljamo v specializiran laboratorij v tujino.
Terapija z antibiotiki, ki je je deležen skoraj vsak oboleli, pa zaradi negativnega vpliva na črevesno floro dodatno vodi tudi k uničenju sestavnih delov celice, natančneje mitohondrijev. Zdrava celica jih ima okrog 1500. Če te mitohondrije antibiotiki uničijo, je celica oslabljena pri pridobivanju energije, lahko rečemo, da ji odvzamemo del njene notranje vitalnosti. To uničenje je nepopravljivo in ostane do konca življenja. Zaradi tega je prav uporaba antibiotikov glavni vzrok, da se lahko intracelularne bakterije in posledično pa tudi avtoimunska obolenja tako širijo.