BRT ni samo diagnostična, ampak tudi terapevtska metoda. Za telo moteča nihanja, ki jih zdravilec določi pri testiranju z ampulami, lahko s pomočjo istih ampul uporabi za spodbujanje zdravljenja. Če pri testu ugotovi, da je veliko zdravih nihanj v jetrih šibkih, jih s pomočjo elektrod prenese v človeško telo in ga s tem vzpodbuja. Po večkratnih ponovitvah te energijske terapije učinkovito vzpodbudimo proces samozdravljenja telesa. Hkrati s splošnimi terapijami za vzpodbujanje telesa začne terapevt zdraviti tudi pozamezne težave. Pacientu pošljemo v telo nihanja določene obremenitve (na primer virusa ali alergena), ki jih začne pospešeno premagovati. S terapijo doseže, da se začne telo zopet boriti na primer proti virusu, ki je kronično obremenjevalo telo.
Včasih zmore telo samo, včasih mu je treba pomagati še z drugimi metodami iz zdravilstva, odločilen za uspeh pa je zdrav način življenja. Ko telo premaga prvo testirano obremenitev, ima na voljo dovolj zdravilne energije, da je mogoče začeti z zdravljenjem naslednje obremenitve. Telo postaja med zdravljenjem vedno močnejše, zato se terapevt ne loti reševanja najvelje težave na začetku, ampak na koncu. Pogosto pa se zgodi, da na koncu zdravljenja največja težava ni več največja (zaradi večanja življenjske energije) in jo je mogoče sorazmerno preprosto premagati.
Pri težkih kroničnih bolnikih z multiplo sklerozo in Crohnovo boleznijo najde terapevt ponavadi tri do deset glavnih obremenitev. Če jih drugo za drugo vestno zdravi, so rezultati pri zdravljenju obeh težkih boleznih odlični. Da pa lahko telo sploh zadostno reagira na nihanja, mora pacient radikalno spremeniti način življenja. Začeti se mora zdravo prehranjevati, piti veliko dobre vode, dovolj spati in telo aktivno razstrupljati. Samo pod temi pogoji je mogoča ozdravitev pri kroničnih boleznih. Brez teh ukrepov je telo pogosto prešibko in ne more zadostno izkoristiti zdravilnih nihanj.
Ta del terapije pa marsikdo zanemari. Pri BRT namreč ni na voljo nekih čudežnih zdravilnih nihanj, ampak »samo« nihanja, ki vzpodbujajo samozdravljenje. Pacient mora pri zdravljenju aktivno sodelovati. Terapevt s pomočjo BRT določi terapijo in spremljevalne ukrepe, pacient pa jih sprejema oziroma izvaja. Terapevt je samo spremljevalec pri procesu zdravljenja, zdravi pa se pacient sam. Zato mora pacient razumeti, zakaj je prišlo do bolezni, da bo lahko našel pot iz težav. Pacient potrebuje za to veliko pojasnil in razlag, pri tem pa mu je v veliko pomoč BRT s fantastičnimi diagnostičnimi možnosti.
Čas trajanje terapije, frekvence in amplitude nihanj, ki jih naj dobi pacient, se določijo pred vsako terapijo čisto individualno. Pred vsako terapijo lahko terapevti tudi preiskusijo, kakšno je stanje pacienta in kakšen je bil uspeh prejšnje terapije. Potek terapije lahko na ta način stalno nadzorujejo. Kontrole vzamejo terapevtu nekaj časa (zopet problem v prenapoljnjenih zdravniških ordinacijah), so pa neobhodno potrebne.
